تعارض منافع که تضاد منافع نیز گفته می‌شود وقتی به وجود می‌آید که شما یا کارفرما یا پشتیبان شما ارتباطی مالی، تجاری، قانونی، یا شغلی با سازمان‌ها یا افراد دیگر داشته باشد که پژوهش یا مقاله شما را تحت تـأثیر قرار بدهد. افشای کامل چنین موضوعی برای ارسال مقاله شرطی لازم است. اظهار تعارض منافع طی نامه ارسال مقاله یا از طریق پر کردن فرم تعارض منافع موجود در سامانه مجله امکان‌پذیر است.
تعارض منافع دو نوع است: مالی یا غیرمالی. برای حفظ شفافیت مراحل ارزیابی مقاله، لازم است هر موردی که شائبه تعارض منافع در آن است صراحتا بیان شود. همچنین صریحا عدم وجود آن نیز بیان شود.
نمونه‌هایی از تعارض منافع عبارت است از: پژوهانه پرداختی به نویسنده یا سازمان متبوع او از طرف هر مؤسسه‌ای؛ هرگونه امتیاز دریافتی توسط نویسنده یا سازمان متبوع او؛ دریافت هرگونه وجه، امتیاز، حق مشاوره، و غیره توسط نویسنده؛ داشتن سمت در هیئت مدیره شرکت یا کارخانه‌ای که از نتایج مقاله منتفع یا متضرر می‌شود؛ مشارکت در دعوی حقوقی مرتبط با مقاله یا پژوهش؛ هرگونه تعارض منافع از نوع شخصی، سیاسی، مذهبی، حزبی، دانشگاهی، فکری که شائبه ارتباط با مطلب منتشرشده را داشته باشد.